Tại Cộng hòa Séc

Elbe khởi nguồn ở độ cao khoảng 1.400 mét (4.593 ft) tại Krkonoše (cũng gọi là Dãy núi Khổng lồ và trong tiếng Đức có tên là Riesengebirge) ở biên giới tây bắc của Cộng hòa Séc. Trong số các suối nhỏ đầu nguồn, quan trọng nhất là Bílé Labe, hay Elbe Trắng. Sau khi hạ độ cao xuống 60 mét (197 ft) tại Labský vodopád, hay thác Elbe, dòng thống nhất với Malé Labe dốc và chảy xiết, và tạo nên dòng chảy thống nhất của Elbe rồi chảy về phía nam, len lỏi qua các thung lũng hẹp cho đến Pardubice, nơi sông chuyển dòng về phía tây. At Kolín some 43 kilômét (27 mi) further on, it bends gradually towards the north-west.

Tại ngôi làng Káraný, một khoảng cách ngắn ở phía trên của Brandýs nad Labem, sông Elbe nhận được nước của Jizera.

Tại Mělník, dung tích dòng chảy của Elbe được tăng lên gấp đôi khi nó nhận được nước của Vltava, hay Moldau, một con sông chảy theo hướng bắc qua vùng Bohemia. Mặc dù từ thượng nguồn đến nơi hợp lưu, Vltava dài (434 kilômét (270 mi) so với 294 kilômét (183 mi)) của Elbe, lượng nước và diện tích lưu vực của Vltava cũng lớn hơn Elbe, song vì lý do lịch sử (tại điểm hợp lưu Elbe chảy qua một thung lũng rộng trong khi Vltava, chảy vào thung lũng và hợp với Elbe ở góc bên phải, vì thế được coi là một nhánh sông) sông tiếp tục mang tên là Elbe.

Xuôi về hạ lưu, tại Litoměřice, nước sông Elbe bị đổi màu bởi sông Ohře (Eger) có màu hung đỏ. Được tăeng thêm lượng nước, và dòng chảy mở rộng ra đến 140 mét (459 ft), Elbe tạo thành một đường qua khối bazan của České Středohoří, đi qua các hẻm núi đá sâu và hẹp.

Tại Đức

Một đoạn ngắn sau khi vượt qua biên giới Đức-Séc, và qua các hẻm núi sa thạch của Dãy núi sa thạch Elbe, dòng chảy của Elbe thẳng theo hướng tây bắc, và nhìn chung vẫn chảy theo hướng này cho đến khi đổ ra biển Bắc.

Sông chảy qua Dresden và cuối cùng, ở bên ngoài Meißen, Elbe bắt đầu tiến vào một hành trình dài qua đồng bằng Bắc Đức, dọc theo biên giới của Cộng hòa Dân chủ Đức trước đây, qua Torgau, Wittenberg, Dessau, Magdeburg, Wittenberge, và Hamburg trên đường đi, và nhận được nước của Mulde và Saale từ phía tây, và Schwarze Elster, Havel cùng Elde từ phía đông. Tại phần phía bắc, cả hai bờ của Elbe là những đồng lầy bằng phẳng và rất màu mỡ, đồng bằng ngập lũ Elbe trước đây nay đã được đắp đê.

Tại Magdeburg, có cầu nước Magdeburg, cho phép các phương tiện lưu thông bên dưới cầu mà không bị cản trở.

Sau đó, Elbe chảy đến Hamburg và trong thành phố-bang này Elbe có một số dòng chảy nhánh, như Dove Elbe, Gose Elbe, Köhlbrand, Bắc Elbe (Norderelbe), Reiherstieg, Nam Elbe (Süderelbe). Các phương tiện đường thủy không thể đi từ dòng chảy chính vào một số dòng chảy nhánh do có những con đê. Năm 1390, Gose Elbe (nghĩa là Elbe nông) bị tách ra khỏi dòng chảy chính bởi một con đê nối giữa hai đảo vào khi đó là Kirchwerder và Neuengamme. Dove Elbe (nghĩa là Elbe điếc) bị ngăn đập vào năm 1437/38 tại Gammer Ort. Các công trình thủy lợi này có mục đích là để bảo vệ vùng đồng lầy khỏi bị lũ lụt, và để cải thiện việc cung cấp nước của cảng Hamburg. Sau khi bị ngập nặng trong lũ lụt Biển Bắc 1962, đoạn phía tây của Nam Elbe đã bị tách ra, ở thành Cựu Nam Elbe, trong khi phần phía đông của Nam Elbe nay hợp vào Köhlbrand, trên dòng chảy nhánh này có cầu Köhlbrandbrücke, cây cầu cuối cùng bắc qua Elbe trước khi sông chảy ra Biển Bắc.

Bắc Elbe chảy qua tòa Elbphilharmonie và sau đó ở bên dưới dòng chảy của nó có đường hầm Elbe cũ (Alter Elbtunnel), cả hai đều nằm tại trung tâm thành phố Hamburg. Xuôi dòng hơn một chút, Bắc Elbe và Köhlbrand hợp nhất để tại thành dòng Hạ Elbe ở phía nam của Altona-Altstadt, một nơi cũng thuộc địa giới Hamburg. Ngay ở điểm bắt đầu, bên dưới dòng chảy của Hạ Elbe đã có đường hầm Elbe mới (Neuer Elbtunnel), cấu trúc đường bộ cuối cùng kết nối hai bờ sông trước khi nó đổ ra Biển Bắc. Dời khỏi Hamburg, Hạ Elbe sau đó chảy qua giữa Holstein và Tam giác Elbe-Weser, qua Stade rồi chảy vào Biển Bắc tại Cuxhaven. Gần cửa sông, Elbe chảy qua lối vào của kênh đào Kiel tại Brunsbüttel.